Как распределяются вычеты НДФЛ по обособленным подразделениям, в какой пропорции, где это можно указать или настроить? Как это заполняется в справке 2-НДФЛ?
При округлении НДФЛ до рублей, получаются переплаты из-за округлений, как с этим бороться?

Уточните, речь идет о предоставлении вычетов в месяце перехода из подразделения в подразделение? Или сотрудники работают по совместительству в разных подразделениях?

Когда работники работают по совместительству в разных подразделениях, пол.месяца в одном, пол. в другом

Из "дополнений к описанию релизов":

Учет фактически предоставленных вычетов.
При проведении документов, в которых производится расчет НДФЛ («НДФЛ», «Выплата», «Прочие доходы») определяется необходимость предоставления стандартных вычетов в текущем документе. Сравнивается сумма положенных вычетов с начала года (регистр «Вычеты стандартные») с суммой уже предоставленных стандартных вычетов (регистр «Фактически предоставленные вычеты»). Если сумма фактически предоставленных вычетов меньше, то формируются движения по регистру «Фактически предоставленные вычеты». Общая сумма фактически предоставленных вычетов рассчитывается как разница между положенными и фактически предоставленными вычетами, но не больше базы для расчета НДФЛ с начала года (база рассчитывается как доход минус скидка).
После этого сумма фактически предоставленных вычетов распределяется по аналитике пропорционально базе для НДФЛ, с которой рассчитан налог в текущем документе.
Также документы формируют движения по регистру «Фактически предоставленные вычеты» на сумму социальных и имущественных вычетов, предоставленных в текущем документе. Сумма социальных и имущественных вычетов распределяется по аналитике аналогично стандартным вычетам.

Учет фактически предоставленных стандартных вычетов ведется с 2017 года. Для формирования движений по регистру «Фактически предоставленные вычеты» за 2016 год необходимо воспользоваться обработкой «Проведение фактически предоставленных вычетов» (Операции/Обработки). После выполнения обработки возможно заполнение форм 2-НДФЛ и 6-НДФЛ за 2016 год по фактически предоставленным стандартным вычетам (это может потребоваться при формировании отчетов по обособленным подразделениям).