Добрый день,подскажите пожалуйста. Работник (имеет двух детей) написал заявление об отпуске без сохранения ЗП с 17.04-30.08, следовательно за май, июнь, июль начислений нет. Затем работник написал заявление об увольнении 30.08.12, ему начислена компенсация за неисп дни отпуска 2452,92 р, при формировании справки 2-НДФЛ программа КАМИН выводит сумму якобы излишне удержанную налоговым агентом в сумме 1138 руб. Что делать в такой ситуации?

Излишне удержанную сумму налога нужно вернуть сотруднику на его счёт в банке по его заявлению (п.1 ст.231 НК).

А необходимо ли предоставлять стандартный налоговый вычет на детей работнику за три месяца нахождения в отпуске без сохр ЗП?

Пока сотрудник работает у вас и получает доход, вычеты нужно предоставлять за всё время работы (п.3 ст.218 НК РФ).

ну а как же быть тогда с Письмом УФНС РФ по г. Москве от 30.11.2004 N 27-08/76634 "О письме Минфина России от 07.10.2004 N 03-05-01-04/41"???

Оно и в 2004 году было противозаконно... И противоречило мнению Минфина... А сейчас совсем устарело.
Есть много свежих писем по этому вопросу.