Ситуация следующая.
Сотрудник на основном месте работы (например специалист отдела) и работает по внутреннему совмещению (преподаватель)
Рассчитывается очередной отпуск.
До обновлений 5.0.24.х по документу "Начисление по среднему" в базу расчета попадали суммы и по основному,и по внутреннему совмещению.
Сейчас после обновлений релиз 5.0.24.4. При расчете среднего заработка суммы по внутреннему совмещению не попадают в базу начислений.
У пользователя начался шквал очередных отпусков.

В релизе 5.0.24.4 в доке "Начисление по среднему" добавлена форма документа "Настройки".
Поэтому перейдите по закладочке "настройка" и там проверьте все галочки.