Добрый день!

Иностранец проработал более 183 дней,
2 месяца в прошлом году и четыре в этом,
однако, но НДФЛ считается по 30% что делать?

В регистре сведений ставили его как резидента,
но тогда налог вообще не начислился.

Как правильно это должно отражаться в программе?

Налоговый статус сотрудника (иностранного гражданина) меняется в справочнике "Сотрудники" в истории гражданства. Необходимо добавить новую запись с даты изменения статуса сотрудника(нерезидент/резидент). С момента изменения статуса иностранного специалиста с нерезидента на резидента налог с его доходов следует исчислять по ставке 13 процентов. Также необходимо пересчитать весь ранее удержанный в текущем налоговом периоде налог по новой ставке.