Выплата зарплаты за декабрь 2015 г была 12.01.2016 г и 14.01.2016 г. А в 6-НДФЛ в раздел 2 ставит только одну дату: дата удержания 12.01.2016 г и дата перечисления 13.01.2016 г. А 14.01.2016 г нет.

Добрый день!
Заполнение данных за декабрь 2015 производится одной строкой, по одной дате выплаты.
Из указанных документов 12.01.2016 г и 14.01.2016 г будут получены только сотрудники, которым производилась выплата.
Далее по ним производится получение дохода и налога для заполнения строки.

а почему дату удержания ставит 12.01.2016 г, а не 14.01.2016 г?

Был выбран такой вариант реализации.
Данных по налогам в нужных разрезах 2015 года для корректного заполнения 6-НДФЛ - в программе не имеется.