Заказчик сообщил о проблеме (похоже, ошибка в программе):

Релиз 4.0.43.4, заполняет РСВ-1 за 1-й квартал.
Среди работников есть "мамочка" в отпуске по уходу за ребёнком до 3-х лет. Вроде всё хорошо, в 6 разделе на неё заполнено всё как надо: доход отсутствует, стаж -- ДЛДЕТИ с 01.01.2016 по 31.03.2016. В разделе 2.5 тоже всё правильно.
Но вот на первой странице количество застрахованных лиц посчиталось неправильно: как раз на 1 меньше. Из-за этого файл не проходит контроль CheckPFR.
Если "ручками" прибавить эту единичку -- всё становится правильно, контроль пройден.