Перенесли данные из 2.0 в 4.0, вроде всё перенеслось приемлемо. Но есть один нюанс.
В 2.0 было 4 табеля (5-дневка, 5-дневка на полставки, 6-дневка и 40-часовая неделя с суммированным учётом). Плюс были графики работы (т.к. предприятие работает без выходных, у работников скользящий график -- были заведены 7 графиков с разными выходными).

Табели перенеслись в 4.0 без вопросов, а вот графики... их просто нет.
И что теперь делать? как их завести в 4.0?

Графики работы действительно не переносятся из -за разной структуры документа. В 4.0 Вам необходимо создать новый вид табелей и документом Изменение перевести сотрудников на них.

Зафиксировано предложение при переносе данных из 2.0 в 4.0 трансформировать Графики работы в справочник Табели.

То есть на каждый График из 2.0 нужно завести Табель в 4.0 так?

В данный момент да.