В отчете РСВ была настройка (флажок) "включать в раздел 2 только строки со сроком перечисления в отчетном периоде ".
Данный флажок мы скрыли. Почему - читать
здесь
В новом документе эта функция всегда включена - флажок установлен.
"Старые документы" мы не меняли. Скорее всего, у Вас в старом документе (отчете за полугодие) данный флажок не был установлен, поэтому суммы со сроком перечисления 02.07.2018 отражены в нем .
Чтобы не затрагивать отчет за полугодие, Вы при подготовке отчета за 9ть месяцев из раздела 2 удалите строки, которые Вы уже отразили ранее.