В Вашем случае программа учитывает этот сверх нормы отработанный в выходной день, как день отработанный по графику, и оплата за него рассчитывается программой, как я и указал.
Вам же я порекомендовал создать новое начисление "Выходные сверх нормы" (обязательно галочку "проводить время), оклад бы рассчитать по норме, а надбавку ввести оплатой по базе, 200%, время вручную, если эта надбавка оплачивается ежемесячно. Если же от случая к случаю, то такие начисления делаются отдельным документом простое начисление и помощником начисление за время.