Добрый день! Подскажите, как правильно настроить базу для оплаты выходных? В моем случае в начислении "Оплата выходных" указаны оклад и стимулирующая надбавка, но при расчете программа производит расчет начисление исходя только из оклада.

Первые 100% оплаты выходных, как таковых начислены в окладе. А вторые 100% уже в строчке оплата выходных и с учетом стимулирующих.
Чтобы проверить, измените процент стимулирующих в постоянных надбавках и пересчитайте документ.
PS. В Вашем случае оклад и стимулирующая совпадают, поэтому и вводят Вас в заблуждение.

При изменении величины стимулирующей надбавки собственно ничего не произошло(см. скрин). А по поводу первых 100%, которые учтены в окладе - это при условии предоставления отгула для сотрудника (поправьте меня, если я ошибаюсь) В моем случае, сотрудник отработал в выходной день сверх месячной нормы и оплата должна быть отдельной строкой как оклад+стимулирующие*2 (мы начисляем оплату а не доплату)

В Вашем случае программа учитывает этот сверх нормы отработанный в выходной день, как день отработанный по графику, и оплата за него рассчитывается программой, как я и указал.
Вам же я порекомендовал создать новое начисление "Выходные сверх нормы" (обязательно галочку "проводить время), оклад бы рассчитать по норме, а надбавку ввести оплатой по базе, 200%, время вручную, если эта надбавка оплачивается ежемесячно. Если же от случая к случаю, то такие начисления делаются отдельным документом простое начисление и помощником начисление за время.