Добрый день
Камин версии 3.5.69.2

Есть сотрудники, работающие на 2х должностях в разных подразделениях. В учреждении проведена индексация, в каждом подразделении свой коэф. После индексации при расчете по среднему по 2-м местам работы в расчете базы начисления по обоим местам индексируются на одинаковый коэф. Только если рассчитывать 2 документа(по каждому месту работы) на один и тот же период, берутся правильные коэффициенты.
Единственный вариант делать отдельный документ по каждому месту работы?

Да. Вы правы. В данном случае необходимо работать с отдельными документами, по каждому статусу работы.