Бухгалтер одного из учреждений пожаловалась, что в отчет СЗВ-М за определенный месяц не попадают люди. у которых в этом месяце нет начислений.
Т.е. человек получил отпускные, например, 31 января и весь февраль был в отпуске. Такой человек не попадает в отчет СЗВ-М за февраль.

Проверено. Данная проблема не воспроизводится.
Проверяйте заполнение трудового стажа у данного сотрудника - справочник "сотрудники" - закладка "трудовой стаж".