После реорганизации к учреждению присоединилось 4 организации - стало одно юридическое лицо. У всех своя база Камин 3.5. Можно ли перенести их данные в основную - одну базу.

Можно. Нужны правила переноса из одной конфигурации в другую, пишете правила, выгружаете и загружаете данные, проверяете правильность данных. Это вкратце)

Как я уже писал, чтобы слияние баз в одной версии прошло корректно, необходимо синхронизировать по наименованию и коду многие справочники: табеля, начисления, удержания, статьи... и т.д. Особое внимание в справочнике Табели нужно уделить реквизитам табеля (Дни, часы, нормы и тд), в начислениях в кодах дохода по НДФЛ и отношению к страховым взносам.
Раз десять перенесете, и только после месячной эксплуатации полученной базы поймете, правильно ли все перенесли.
Поэтому настроить бухгалтеров на неоднократный перенос и пробу. Тотальный расчет в базе делать не надо. А вот наиболее типичные и срецифичные случаи расчетов сделать надо.

Очень важно,чтобы в разных базах под одним названием начисления, удержания, статьи понималось одинаковое содержание. Например, начисление называется Премия, но одной базе - это месячная, другой - квартальная, а в третьей - разовая.

При переходе в на версию 5.5 синхронизацию справочников можно сделать только по наименованию, хотя я не проверял. Такая ситуация была при переходе с 2.0 на 3.5 и одновременным объединением.

Я переносила 3 учреждения из Камин 3.5 и одно из 1С именно обработкой Выгрузка и загрузка данных XML (хоть переносили 2 учреждения в этом году, но выгрузку нашли только за 2015, когда переносили прошлые, то есть ее никто не дорабатывал). Переносит нормально, но повозится приходится. Удваивает в справочниках даже виды доходов и вычетов - а их никто не переименовывает, удваивает периоды,портит виды выплат и удержаний....В общем много разгребать. И самое плохое, что обработки поиска и замены дублирующих элементов ПоискИЗаменаДублирующихсяЭлементов и переноса ReplValBudg не работают с "помощником", то есть объект будет не обнаружен.
А в общем. видимо ничего другого не остается. Будете по сводам и справкам 2НДФЛ проверять. И все подделаете