Скажите, что непонятно из описания:

Документ "Входящее сальдо".

В документе добавлена возможность ввести базу для расчета по среднему и периоды нетрудоспособности с предыдущих мест работы.

База для расчета по среднему.
Для ввода базы для расчета отпуска в документе "Входящее сальдо" нужно перейти на закладку "База для расчета отпуска" и заполнить табличную часть по каждому сотруднику.
В табличную часть вводятся по месяцам, базовые суммы которые должны участвовать в расчете по среднему.
Для выбора сотрудника следует выделить строку с сотрудником в табличной части на закладке "Входящее сальдо" и перейти на закладку "База для расчета отпуска" или воспользоваться кнопками "<" и ">" на закладке "База для расчета отпуска". Затем выбирается период, за который нужно ввести базу (по умолчанию в качестве периода указывается 12 календарных месяцев, предшествующих дате документа), указывается табель по которому будет рассчитываться отработанное время и нормы времени. Если не указан табель или не определены нормы времени по табелю, тогда норма времени и соответственно отработанное время будет рассчитано по календарю для 5-ти дневной рабочей недели. Если не указать в шапке документа основное начисление, тогда в табличной части в качестве начисления будет заполнено начисление "Оклад". Далее необходимо нажать кнопку "Заполнить периоды". В случае необходимости можно заполнить КИНД (коэффициент индексации) - по умолчанию равен 1. При его изменении следует учитывать, что он вводится для текущего месяца, а не рассчитанный с учетом раннее введенных коэффициентов. Если необходимо в разрезе месяца указать базу по двум и более начислениям, то следует выделить ячейку с названием месяца и нажать кнопку добавления или нажать правую кнопку мыши и в меню выбрать пункт "Добавить", после чего отредактировать данные строки. Суммы, указанные в таблице начального сальдо и суммы, указанные в таблице базы никак не связаны, т.е. можно указать базу, но начальное сальдо при этом может быть нулевым и наоборот.

Периоды невыходов.
На закладке "Периоды невыходов" вводятся периоды невыходов, исключаемые из расчета базы при расчете отпуска по уходу за ребенком, пособия по беременности и родам, а также учитываемые при расчете отработанного времени в расчете отпуска.
Периоды необходимо вводить с разбивкой по годам, т.е. если начало и окончание периода попадают в разные года, необходимо ввести два периода.

Закладка "Отпуска"
Данная закладка предназначена для ввода начальных данных об использованных отпусках сотрудников. Для этого следует выделить строку с сотрудником в табличной части на закладке "Входящее сальдо" и перейти на закладку "Отпуска".
Далее необходимо указать вид отпуска, количество дней, даты отпуска и период, за который был использован отпуск. Данные о номере и дате приказа заполнять необязательно.

mkuсbuoz

Как заполнять документ входящее сальдо мне понятно. После заполнения документа, рассчитываю отпуск. База становится правильно. Календарного времени нет, так как дата приема 1 июня 2015 года. Если снять проведение с документа прием. то календарные дни заполняются (неявки и расчет коэффициента) правильно. Так как у меня 100 учреждений и 25 бухгалтеров, дата редактирования документов дает работать только в текущем месяце. Распроводить и проводить по необходимости документ прием не даст - да и бред какой-то. То есть вся проблема (для моего случая) в том, что дата приема при расчете отпуска - из документа прием, без учета, что есть документ входящее сальдо. Сделать прием годом раньше нельзя из-за статистической отчетности

Данная ситуация в программе не предусмотрена. Алгоритм расчета привязан к дате приема. Как Вам писал mirwl, такой ситуации быть не должно. Попробовать обойти для вашего "нестандартного" случая можно, внеся изменения в программном коде помощника расчета отпуска.