На релизе 3.5.77.4 делаем перерасчет отпуска, начинавшегося в сентябре и продолжавшегося в октябре. Индексация 4,3 % с октября, но в расчетную базу входят также суммы, которые не должны индексироваться.
Программа индексирует сумму за октябрь точно на 4,3%,
Все настройки стоят(галочка в начислении о том, что не индексируется при индексации заработка ,стоит)
В чем еще может быть дело?

Добрый день! В помощнике по расчету отпуска на закладке Расчет базы установите флаг "развернуть по начислениям", рассчитайте документ.

К сожалению,галочка не помогает.Она стоит изначально.При перерасчете отпуска,который был оплачен в сентябре и продолжался с 23.09.19 по 13.10.19,необходимо индексировать только октябрьскую часть. Программа сентябрь оставляет без изменения,а октябрьская часть вся индексируется на 4.3%.При расчете новых отпусков индексация идет верно,т.е. только индексируемые виды расчета индексируются.Проблема с перерасчетами прошедших отпускных

У Вас повышение произошло в период сохранения среднего заработка, т. е. в период отпуска. Поэтому повышается часть рассчитанных ранее отпускных, а не выплат, учитываемых при определении среднего заработка. В сумму ранее рассчитанных отпускных входят и неиндексируемые премии, но в этом случае они проиндексируются, т.к. в соответствии с абзацем 4 п. 16 Положения в этом случае индексироваться должны не выплаты, учитываемые при определении среднего заработка, а часть уже рассчитанного ранее среднего заработка.
Подробнее во вложении.