Добрый день! При приеме на работу новаые работники проходят обязательный медосмотр. Наша компания возмещает работнику его расходы. С выплаченной компенсации надо начислить страховые взносы и НДФЛ. Как это все оформить в программе, чтобы потом начисления и удержания попадали во все отчеты?

Все доходы сотрудника, не приводящие к выплате ему денег, отражаются в программе как "Прочий доход" (соответствующим документом).
Обратите внимание, что удержание НДФЛ произойдёт позже -- только в момент выплаты данному сотруднику каких-либо денежных сумм.

Компенсация стоимости обязательных медосмотров - не доход
для НДФЛ

Работодатель, возмещающий работникам их затраты на прохождение обязательных медосмотров, не должен исчислять НДФЛ с сумм такого возмещения.
Письмо Минфина от 26.07.2018 N 03-04-06/52404

Трудовым кодексом установлено, что работники, занятые на вредных работах, а также на работах, связанных с движением транспорта (водители, машинисты и т.д.), должны проходить медицинские осмотры в обязательном порядке. Если сотрудник не прошел обязательное медицинское обследование, он не может быть допущен к исполнению трудовых обязанностей. Оплачивать такие медосмотры должен работодатель.
Как известно, при исчислении НДФЛ учитываются все доходы (и денежные, и натуральные), полученные физлицом. По мнению Минфина, при возмещении работодателем сотруднику стоимости обязательного медосмотра экономической выгоды у последнего не возникает. А значит, не возникает и объекта по НДФЛ.

Статья: Новости от 24.08.2018 ("Главная книга", 2018, N 17) {КонсультантПлюс}