Когда сотрудник уходит в отпуск делается приказ на отпуск и из него сам расчет (начисление по среднему) - см. вложение О2.
Оба документа делают записи по использованным дням в табличную часть "отпуска" справочника "сотрудники" (см. вложение О1), каждый по 14 дней как в рассматриваемом случае.
Отчет остатки отпусков берет информацию об использованных днях отпуска из из табличной части "отпуска" справочника "сотрудники" (см. вложение О1) и в нашем примере происходит задвоение этих дней, что является ошибкой.
В данном случае это ошибка работы отчета или все таки что-то можно изменить в исходных данных? Ручную правку табличной части справочника сотрудники не предлагать.

В кадровом приказе снимите флаг "добавить сотруднику запись об отпуске".