При увольнении сотрудника, скажем, серединой октября, делаем "Начало месяца" (ввод нормативов времени),"Увольнение", "Табель" (начисление сотруднику за отработанные дни), "НДФЛ" по сотруднику (автоматом - последним днем месяца), "По среднему - Расчет по среднему (отпуск...) - Компенсация". После Рассчета, в Записке-расчете Т-61 видим:
Гр. 10 - сумма зарплаты по табелю
Гр. 11 - сумма компенсации
Гр. 13 - Гр.10+Гр.11
Гр. 14 - НДФЛ только за компенсацию! НДФЛ по зарплате по табелю (Гр. 10) отсутствует, что ведет к завышению Гр. 19 К выплате. Можно, конечно, в ручную вытащить сумму НДФЛ по зарплате и на закладке Печать в Помощнике расчета компенсации подправить "Сумму НДФЛ (Гр.14)" (аналогично - для Т-60). Но зачем напрягать бухгалтера по зарплате возможностью ошибиться при печати Т-61? К выплате-то сумма выходит правильная, а вот Т-61 печатается с иной суммой, что наводит на сомнения и бухгалтера, и увольняемого.
... После расчета компенсации, не забываем перерасчитать НДФЛ по сотруднику, чтобы у него добавилась строчка с кодом 4800.

Перейдите на закладку "печать" и выполните необходимые настройки для формы Т-61.
В части НДФЛ - выборку сделайте из документа НДФЛ.