С физическим лицом заключен договор. Сформирован документ «Договор». Документ «Прием» не формировался, поэтому в справочнике «Сотрудники» отсутствуют сведения о подразделении, в котором он оформлен. В документе «Выплата» (Межвыплата, Выплата зарплаты) в закладке «Удержанный НДФЛ» в связи с этим ошибка - не указывается подразделение.

В данном случае в "настройке расчета НДФЛ" (справочник "организации") необходимо выставить флажок "распределять по подразделениям". Если флажок не выставлен подразделение должно заполняться из кадровых сведений, а по договорнику их нет.