При формировании отчета 6-НДФЛ за 3 квартал по 2 работникам выходит сноска "Отрицательная сумма по.....фио".Эти работники имеют вычеты на детей.В чем может быть проблема?

Проблема в том, что в документе Выплата на закладке Удержанный НДФЛ у них отрицательный налог. Попал он туда из рассчитанного док-та НДФЛ, проверьте почему налог отрицательный.

У меня в документе выплата НДФЛ с минусом от того, что был произведен перерасчет больничного в минус, соответственно и НДФЛ в минус. и что делать? убрать минусовый ндфл руками? или оставить

Здравствуйте.

При сдаче отчетов отрицательные суммы не допускаются.
Если при пересчете больничного сумма уходит в минус, то пересчет необходимо делать в месяце, когда был начислен больничный лист. При необходимости подать корректирующие сведения.

Причём -- обратите внимание! -- в "минус" нельзя уходить даже по одному работнику.

Т.е. если у вас, к примеру, по одному работнику перерасчёт "в минус", но его "перекрывают" начисления по другим работникам -- в 6-НДФЛ будет всё "красиво"; но позже, при формировании 2-НДФЛ, эти огрехи всё равно проявятся.