Простой вариант - Вам нужно в ручную проверить настройки баз начислений, удержаний, отчислений.

Более трудоемкий - если вы хотите повторно перенести, то необходимо:
1. Сократить наименования начислений, они обрезаются при выгрузке Баз начислений, удержаний, отчислений, и соответственно не находятся при загрузке, т.к. поиск идет по полному совпадению.
2. Удалить из настроек баз начисления Трудовое соглашение и Совмещение - у вас они фигурируют в базах для расчета начислений Больничные, Компенсация отпуска и т.д. Видимо, в вашей базе был какой-то сбой, либо проводилось удаление этих начислений, но ссылки на них сохранились в настройках баз.

эммм....ну вот если идти по первому пути....нашел я допустим в базе начислений/удержаний какой либо из данных элементов. А что с ним дальше делать?

Я так полагаю надо эти элементы просто удалить?

Вам нужно открыть одно и то же начисление (каждое по порядку в справочнике Начислений), если в нем есть закладка "База", то проверяете состав в 1.2 и 3.0 При необходимости в 3.0 добавляете недостающие в таблицу "Начисляется на". Тоже самое делаете по удержаниям и отчислениям.

Спасибо большое!

вроде бы изменил. Скажите, а есть какой то способ проверить, все ли элементы я заменил?

У вас при выгрузке из 1.2 в указанном вами каталоге среди прочего сформировались 3 файла: BazNach.dbf, BazOtc.dbf, BazUder.dbf - базы начислений, отчислений и удержаний соответственно. Вы можете открыть эти файлы например с помощью OpenOffice или Ms Excel: в них Колонка Naim содержит наименование начисления, а колонка Baza соответственно наименование начисления, которое входит в базу.