Подскажите как ввести в программу остатки по отпускам в разрезе сотрудников и есть ли возможность формирования остатков неотгулянных отпусков по сотрудникам за период работы на определенную дату

В Зарплате 3.0 учет отпусков не ведется. можно построить отчет по регистру "Время неотработанное" по виде времени "Ежегодный оплачиваемый отпуск", по которому можно определить, сколько дней отпуска было рассчитано.
Плановое количество дней отпуска указывается в реквизите "Основной отпуск" в документах "Прием на работу" и "Изменение". Там же есть реквизит "Дополнительный отпуск" в котором можно при приеме на работу указать остаток отпуска. Но потом, после расчета этого дополнительного отпуска, докуменоом "Изменение" не забыть обнулить дополнительный отпуск.
Но это все так, можно использовать. Но учет отпусков не ведется.