У сотрудницы был стаж 9л. Она уволилась и через год вновь пришла, но теперь программа автоматически ставит ей стаж 8л. И так и у других сотрудников, либо уменьшает, а у одной на год прибавил.

Речь идет о стаже для расчета больничного?

Да

При приеме сотрудника на работу (первичном или повторном) необходимо перейти на закладку "доп. сведения" и внести данные в параметр "страховой стаж (для б/л)".
Если сотрудника принимаете повторно, то здесь отобразятся данные, введенные ранее. Необходимо их перепроверить. исправить при необходимости и перезаписать (кнопка "записать", эти данные прописываются в параметры сотрудника: ДатаНачалаСтрахСтажа, СтрахСтажДней, СтрахСтажЛет, СтрахСтажМесяцев).

Т.е. "дату на" исправить на дату приема и ввести стаж до начала работы в Вашей организации.

Именно от этой даты идет отсчет стажа в организации плюс данные на начало.

Данные по стажу можно исправить сразу в справочнике "сотрудники".
По сотрудникам с неверным отражением стажа заполните указанные Выше параметры:
ДатаНачалаСтрахСтажа - укажите дату приема
СтрахСтажДней, СтрахСтажЛет, СтрахСтажМесяцев - укажите стаж на начало работы в Вашей организации.