Добрый день! У меня такой вопрос в июне начислили больничный не верно вместо 80% начислили 100%, успели сдать все отчеты ошибку обнаружили ФСС, корректировку сделали в сентябре документом ср.начисление с минусом переплаченной суммы. В итоге за 3 квартал формируем РСВ и программа не видит этого минуса и начисляет страховые взносы на всю сумму. Каким документом это можно исправить?

А 80% не равны 80% в десятичной системе счисления?
При таких обтекаемых формулировках лучше скриншоты. Не почтите это за труд.

Предполагаю что 80 и 100. нужно. Попробуйте пересчитать документы конец месяца. (копию сделайте базы только)

Отчеты уже сданы за полугодие как исправить эту ошибку в 3 квартале? Да действительно нужно было 80%, а подсчитали 100%.

Проблема у Вас не начислении страховых взносов, а в базе всего и облагаемой, так как взносы в ПФР не начисляются на больничные в любом случае. Поэтому хоть 80, хоть 100% процентов начислили, сумма страховых все равно не измениться.
Надо
1) Перенести документ с минусом в месяц, когда начисляли больничный.
2) пересчитать РСВ за 2 квартал
3) сделать корректирующую РСВ
4) пересчитать выплату с этим больничным
5) сделать корректирующую 6-НДФЛ
Если будете делать исправления в 3 квартале, то база всего выплат у Вас будет меньше базы облагаемой по сотруднику, и РСВ не пропустят. 6-НДФЛ можно поправить 3 кварталом, но тогда у налоговой могут возникнуть вопросы о расхождениях между РСВ-1 и 6 НДФЛ.
Сдадите отчеты и мунусовую сумму вернете в 3 квартал, чтобы Свод совпадал с Вашей бухгалтерией

Дело в том, что соцстрах мне отвечает, что корректировать 2 квартал не стоит по РСВ, так как камеральная проверка по больничным ФСС была в 3 квартале и нужно регулировать 3 квартал по РСВ.

Речь идет, видимо, о 2 и 3 квартале 2016 года?

да

т,е есть нет 2017 года

ФСС не хочет менять свои устои: как не принимали корректирующие по 4-ФСС, так и теперь не хотят что-то исправлять. Отчет РСВ-1 принимает налоговая, а там к корректирующим относятся нормально. Так что делайте смело, и пусть ФСС теперь себе мозги выкручивает, тем более, что корректируемый отчетный период - текущий год.