Сотруднику начислено 5000 по уходу за ребенком, делаем межрасчетные выплаты, в документе галочки "выплачено и провести ндфл" стоят проводим документ, затем делаем выплату зарплаты по всему предприятию и эта сумма там тоже фигурирует, так по нескольким сотрудникам.
В прошлом месяце все работало нормально.

Помогло тестирование и удаление индексных файлов. Вопрос решен.