Почему с января 2016 года стандартный вычет код 104 -500 рублей перестал учитываться при расчете НДФЛ? По декабрь 2015 года вычет учитывался. Пробовали новые ввести изменения с 01.01.2016 года -не считает. Считает только на детей.

Зайдите в справочник "Виды вычетов" через меню Справочники-НДФЛ. Выделите нужный вам вид вычета и перейдите в подчиненный справочник (нажав правую кнопку мыши и выбрав нужный пункт).
В появившемся окне добавьте строку: 2016 в колонку "Год", и размер вычета в колонку "Размер".

Данный недочет будет исправлен в следующем релизе, который готовится к выпуску.